Claro que pode, Filipe! Sem problemas. Ainda mais indicado pela sua nutricionista. 

Whey Protein é proteína e BCAA são aminoácidos, não tem problema nenhum usar os dois juntos. Embora, se você estiver tomando um Whey Isolado que tenha acima de 90% de proteína, talvez não seja necessário o uso do BCAA, pois essas proteínas costumam ter concentrações altas dos aminoácidos de cadeia ramificada, especialmente a Leucina, que é o aminoácido mais importante do BCAA.

Geralmente o BCAA é usado antes do treino e o Whey Protein imediatamente depois. Se você foi orientado pela sua nutricionista, recomendamos que use conforme a indicação dela. 

Se o seu BCAA for em cápsula ou tablete, não tem problema tomar junto. Mas se for em pó, tem que saber se o sabor combina com o sabor da sua Whey. Se sim, pode tomar os dois no mesmo copo.